2  Sởi năm 2024

2.1 Lựa chọn Serial interval

Note

Để ước tính được Rt thì cần phải xác định được Serial interval của Sởi, tuy nhiên trong báo cáo này thì nhóm nghiên cứu không tính được Serial interval từ bộ dữ liệu (vì không có đủ dữ liệu về tình trạng lây nhiễm giữa những ca bệnh). Do đó, nhóm nghiên cứu tham khảo y văn và chọn được Serial interval có trung bình là 14,5 ngày và độ lệch chuẩn là 3,25 ngày (Worden et al., 2020). Nhóm nghiên cứu sẽ dùng giá trị này để ước tính Rt cho năm 2024 và năm 2019 để xem diễn tiến của Sởi.

2.2 Phân tích hệ số lây nhiễm Rt

Note
  • Dữ liệu được sử dụng để ước tính Rt là dữ liệu ca bệnh theo ngày. Dữ liệu đã loại bỏ những ca bệnh được chẩn đoán là “Loại trừ Sởi” và chỉ chọn những ca bệnh được chẩn đoán là “Sởi xác định” và “Sởi nghi lâm sàng” để ước tính.

  • Báo cáo sử dụng Ngày khởi phát để ước tính Rt cho năm 2024 và Ngày nhập viện để ước tính Rt cho năm 2019 (vì không có dữ liệu về ngày khởi phát).

  • Năm 2024, dữ liệu phân tích từ ngày 04/03/2024 đến ngày 08/10 có tổng cộng 210 ca bệnh bị thiếu dữ liệu về ngày khởi phát, do đó báo cáo sử dụng ngày nhập viện thay thế để ước tính Rt.

  • Báo cáo trình bày kết quả theo thời gian thực về số ca mắc mới, đường trung bình động 14 ngày (Moving Average), hệ số lây nhiễm theo thời gian (Rt) và sử dụng Rt để đánh giá số ca nhiễm trên thực tế.

[1] 2.816143
  • Từ 13/05, số ca bệnh bắt đầu xuất hiện mỗi tuần và bắt đầu liên tục từ ngày 30/05/2024. Từ ngày 13/05 thì số ca bệnh đã vượt qua khỏi đường Moving Average và đến khoảng 16/09 thì số ca mới bắt đầu giảm dưới ngưỡng này.
  • Khi ước tính Rt từ 04/03/2024 thì có thể là quá sớm vì các ca bệnh xuất hiện lẻ tẻ từ 04/03/2024 đến khoảng 30/05/2024. Số ca bệnh bắt đầu xuất hiện liên tục từ 30/05/2024 nên sẽ ước tính Rt từ ngày này.

  • Để quan sát được rõ hơn diễn tiến dịch trong 2 tháng gần nhất, hình sẽ được phóng to từ ngày 12/07 đến 14/09:
Figure 2.1

Lúc số ca bắt đầu liên tục thì Rt rất cao và đến tháng 10/07/2024 thì Rt giảm gần bằng 1. Tuy nhiên, đến khoảng 22/07/2024 thì Rt tăng trở lại và kéo dài đến gần giữa tháng 09/2024 mới giảm gần bằng 1.

Sử dụng bảng phân độ Rt của USCDC, giai đoạn Rt của Sởi năm 2024 diễn ra như sau (CDC, 2024):

  • Từ 10/06 - 08/07: số ca nhiễm đang tăng, trong khoảng thời gian này có khoảng 2 ngày thì số ca nhiễm trong giai đoạn ổn định (nhưng không đáng kể vì sau đó số ca nhiễm lại tăng).

  • Từ 10/07 - 21/07: số ca nhiễm ổn định, và khoảng ngày 19/07 thì Rt chuyển sang màu đỏ nghĩa là số ca nhiễm có thể tăng.

  • Từ ngày 22/07 - 09/09: số ca nhiễm đang tăng (Rt = 1.1, KTC: 0.95 - 1.29 vào ngày 09/09 có thể thấy KTC trên của Rt còn trên 1 do đó số ca bệnh có thể tăng).

  • Từ ngày 10/09 - 15/09: số ca nhiễm có thể tăng (màu đỏ).

  • Từ ngày 17/09 - 19/09: số ca nhiễm có thể giảm (màu vàng.

  • Từ ngày 20/09 - 28/09: số ca nhiễm ổn định (màu cam).

Dates Estimatr Rt Q1 Q3 Propability
2024-10-05 1.3174680 1.1487457 1.497582 0.9999473
2024-10-04 1.3841939 1.2095990 1.570387 0.9999980
2024-10-03 1.4377035 1.2586403 1.628502 0.9999999
2024-10-02 1.4573528 1.2765938 1.649906 1.0000000
2024-10-01 1.4308248 1.2518713 1.621559 0.9999998
2024-09-30 1.3487811 1.1756666 1.533612 0.9999857
2024-09-29 1.2468389 1.0812101 1.424099 0.9986850
2024-09-28 1.2568019 1.0910262 1.434131 0.9991454
2024-09-27 1.2207298 1.0577936 1.395166 0.9966645
2024-09-26 1.1818104 1.0217490 1.353348 0.9876262
2024-09-25 1.1327046 0.9761687 1.300710 0.9499841
2024-09-24 1.0957743 0.9419477 1.261065 0.8823952
2024-09-23 1.0877344 0.9346291 1.252282 0.8616284
2024-09-22 1.0298078 0.8812386 1.189780 0.6393282
2024-09-21 0.9535980 0.8111349 1.107417 0.2642712
2024-09-20 0.9387502 0.7976516 1.091170 0.2041572
2024-09-19 0.9088263 0.7700902 1.058883 0.1103711
2024-09-18 0.9126862 0.7733609 1.063381 0.1208700
2024-09-17 0.9387613 0.7967912 1.092199 0.2056039
2024-09-16 1.0113378 0.8629097 1.171372 0.5471910
2024-09-15 1.0685654 0.9148359 1.234058 0.7980491
2024-09-14 1.0703506 0.9154969 1.237126 0.8025568
2024-09-13 1.1028707 0.9446471 1.273165 0.8928194
2024-09-12 1.0515086 0.8962791 1.218953 0.7289690
2024-09-11 1.0514847 0.8953367 1.219999 0.7275228
2024-09-10 1.0594001 0.9016058 1.229731 0.7569282
2024-09-09 1.0756665 0.9154494 1.248613 0.8119316
2024-09-08 1.1065308 0.9426956 1.283299 0.8926339
2024-09-07 1.1996720 1.0275608 1.384914 0.9892263
2024-09-06 1.2438476 1.0673481 1.433654 0.9972462
2024-09-05 1.2722437 1.0926873 1.465258 0.9989361
2024-09-04 1.2710932 1.0907276 1.465057 0.9988295
2024-09-03 1.2126791 1.0357276 1.403380 0.9915336
2024-09-02 1.1560641 0.9823021 1.343768 0.9597084
2024-09-01 1.1700663 0.9936602 1.360674 0.9702593
2024-08-31 1.2134111 1.0315839 1.409780 0.9900595
2024-08-30 1.2719925 1.0830985 1.475846 0.9981827
2024-08-29 1.3372823 1.1404439 1.549560 0.9997870
2024-08-28 1.3656373 1.1634383 1.583798 0.9999093
2024-08-27 1.3083650 1.1073666 1.525878 0.9991048
2024-08-26 1.3556623 1.1473979 1.581039 0.9997835
2024-08-25 1.3807259 1.1665495 1.612686 0.9998851
2024-08-24 1.3831429 1.1642713 1.620587 0.9998557
2024-08-23 1.4121819 1.1856199 1.658260 0.9999249
2024-08-22 1.5147342 1.2733966 1.776704 0.9999973
2024-08-21 1.6431148 1.3839819 1.924156 1.0000000
2024-08-20 1.8084915 1.5279606 2.112316 1.0000000
2024-08-19 1.9569290 1.6562946 2.282265 1.0000000
2024-08-18 1.9384617 1.6317152 2.271238 1.0000000
2024-08-17 1.9103218 1.5994726 2.248365 1.0000000
2024-08-16 1.8591083 1.5475053 2.198869 1.0000000
2024-08-15 1.8649970 1.5487673 2.210168 1.0000000
2024-08-14 1.8452371 1.5273515 2.192727 1.0000000
2024-08-13 1.9319740 1.6031008 2.291075 1.0000000
2024-08-12 1.8435129 1.5193156 2.198595 1.0000000
2024-08-11 1.9386042 1.6019062 2.306940 1.0000000
2024-08-10 1.9243637 1.5845151 2.296739 1.0000000
2024-08-09 1.8623715 1.5232354 2.235084 1.0000000
2024-08-08 1.7285140 1.3968153 2.095019 0.9999993
2024-08-07 1.6662421 1.3345916 2.034143 0.9999933
2024-08-06 1.5639029 1.2362004 1.929551 0.9998619
2024-08-05 1.5404565 1.2074720 1.913375 0.9996675
2024-08-04 1.5618384 1.2175297 1.948369 0.9996997
2024-08-03 1.6084403 1.2490168 2.012623 0.9998346
2024-08-02 1.6295656 1.2576643 2.048905 0.9998397
2024-08-01 1.7480443 1.3519373 2.194268 0.9999801
2024-07-31 1.8080957 1.3954501 2.273376 0.9999916
2024-07-30 1.9711249 1.5306556 2.466446 0.9999997
2024-07-29 1.9755747 1.5279093 2.479880 0.9999996
2024-07-28 1.8059960 1.3748078 2.295098 0.9999783
2024-07-27 1.7976864 1.3650587 2.288954 0.9999714
2024-07-26 1.8648328 1.4230639 2.365407 0.9999925
2024-07-25 1.8527451 1.4138397 2.350074 0.9999910
2024-07-24 1.7036006 1.2868816 2.177873 0.9998502
2024-07-23 1.5776085 1.1817370 2.029789 0.9988074
2024-07-22 1.4502844 1.0764290 1.879006 0.9923869
2024-07-21 1.3000560 0.9518044 1.701760 0.9510372
2024-07-20 1.1897038 0.8609945 1.570735 0.8543883
2024-07-19 1.0934479 0.7811752 1.457410 0.6927290
2024-07-18 0.9844095 0.6894683 1.331045 0.4403638
2024-07-17 1.0536485 0.7456244 1.414097 0.6045044
2024-07-16 0.9398632 0.6469586 1.286600 0.3380577
2024-07-15 0.8868892 0.5983804 1.231264 0.2323388
2024-07-14 1.0813152 0.7531757 1.467857 0.6553543
2024-07-13 1.0679180 0.7351056 1.461897 0.6236234
2024-07-12 1.0488939 0.7126725 1.449059 0.5806423
2024-07-11 1.0567261 0.7129686 1.467047 0.5941653
2024-07-10 1.0589749 0.7092121 1.477737 0.5961592
2024-07-09 1.2093229 0.8271760 1.662896 0.8370178
2024-07-08 1.4101650 0.9876622 1.906720 0.9708543
2024-07-07 1.5071927 1.0612027 2.030196 0.9886759
2024-07-06 1.6976728 1.2128423 2.262755 0.9987425
2024-07-05 1.8086603 1.2979258 2.402812 0.9996625
2024-07-04 1.9110263 1.3772997 2.530796 0.9999062
2024-07-03 1.8562635 1.3261419 2.474134 0.9997604
2024-07-02 1.8250206 1.2977681 2.440753 0.9996094
2024-07-01 1.7788381 1.2588117 2.387370 0.9992727
2024-06-30 1.4483689 0.9840964 2.000939 0.9700165
2024-06-29 1.3112312 0.8713036 1.839638 0.9044782
2024-06-28 1.2326492 0.8052074 1.749648 0.8325020
2024-06-27 1.5086656 1.0250651 2.084239 0.9812865
2024-06-26 1.6231009 1.1101998 2.231867 0.9933251
2024-06-25 1.6081977 1.0850442 2.232652 0.9905751
2024-06-24 1.5462393 1.0189814 2.181688 0.9795762
2024-06-23 1.6017441 1.0463124 2.273548 0.9846011
2024-06-22 1.5306134 0.9702776 2.216612 0.9667096
2024-06-21 1.5876252 0.9949563 2.316542 0.9737829
2024-06-20 1.5752639 0.9622121 2.336971 0.9650164
2024-06-19 1.7395302 1.0625502 2.580667 0.9857135
2024-06-18 2.0550414 1.2721030 3.022709 0.9979562
2024-06-17 2.3743460 1.4697576 3.492367 0.9996480
2024-06-16 3.2451200 2.0792096 4.666387 0.9999990
2024-06-15 4.3851555 2.8645292 6.224379 1.0000000
2024-06-14 5.7462707 3.7536548 8.156374 1.0000000
2024-06-13 6.7352846 4.2209670 9.827616 1.0000000

2.3 Phân bố nhóm tuổi theo tuần

Figure 2.2
  • Về nhóm tuổi, lúc số ca bắt đầu xuất hiện liên tục thì nhóm dưới 9 tháng và nhóm từ 9 đến 18 tháng chiếm đa số. Tuy nhiên, khoảng 1 tháng sau thì bệnh xuất hiện nhiều hơn ở nhóm 18 tháng đến 5 tuổi, và từ tháng 08/2024 thì nhóm > 10 tuổi nhiễm bệnh khá nhiều.

2.4 Bản đồ ca mắc

Reading layer `ADM_ADM_2' from data source 
  `C:\Users\Admin\Desktop\measles\data\gadm41_VNM.gpkg' using driver `GPKG'
Simple feature collection with 710 features and 13 fields
Geometry type: MULTIPOLYGON
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 102.1446 ymin: 8.381355 xmax: 109.4692 ymax: 23.39269
Geodetic CRS:  WGS 84

2.5 Thời gian cửa sổ (Sliding window)

Chúng ta có thể tùy chọn Sliding window (SW) khác nhau để thể hiện kết quả ước tính Rt. Sliding window là khoảng thời gian chúng ta dùng để xác định Rt, ví dụ nếu chúng ta chọn SW = 7 thì giá trị Rt sẽ được tính bằng trung bình của 7 ngày. Chúng ta vẽ thử 4 trường hợp của SW lần lượt là: mỗi ngày, mỗi tuần, mỗi 2 tuần và mỗi tháng để lựa chọn.

SW = 14 đồng nghĩa với sliding window là 14 ngày (2 tuần) cho thấy Rt có độ ổn định hơn, nên sẽ sử dụng SW = 14 để ước tính Rt.